总务处是南京审计大学为创建特色名校，贯彻“党委领导、校长负责、教授治学、民主管理”原则，构建现代大学制度，为教学、科研和管理提供服务的保障体系。为探索高校后勤改革的新途径，总务处深入落实“特色、质量、国际化”办学理念，以“三服务，两育人”的服务和管理理念为宗旨，不断深化改革，加强科学管理，全力打造“智慧总务”、“高效总务”。

总务处（医务所挂靠）现下设5个科级单位及5个服务中心，分别为：医务所、综合办公室、物业管理科、安全与质量管理科、能源与设备管理科、饮食服务中心、物业服务中心、维修服务中心、设备运行保障中心、采供服务中心。主要承担校内后勤服务和医疗服务工作。

总务处通过实施精细化管理，促进大总务的品质提升。原后勤集团公司浦口分公司，于2003年6月引入ISO9001﹕2000国际质量管理体系，并于2004年2月通过认证，该体系在运行过程中，得到不断地完善和改进，并沿用至今。

历年来，我校后勤工作获得了全国百佳食堂、江苏省高校“文明食堂”、食品量化分级“A”级单位、教育超市“示范店”等荣誉称号，泽园学生餐厅、润园风沙渡餐厅获得“2016-2017年度江苏好食堂”称号；泽园学生宿舍荣获2006-2009年度江苏省高校“文明宿舍”；2011年11月被授予“南京市节水示范点”和“全省节水型高校创建先进集体”；2016年我校荣获“南京市园林式单位”称号；获“2016年度全国教育后勤系统信息宣传工作先进单位”表彰；2017年我校入选全国“教育后勤新科技应用领跑单位（2017）”；被江苏省教育厅授予“江苏省平安校园建设单位”；2017-2018年度被评为江苏省高校房地产管理工作先进单位；2019年荣获“省级餐饮质量示范单位”称号；2019年荣获“南京市食品安全工作站示范点”。

总务处通过加强文化建设，增强班子和总务队伍的凝聚力。总务党总支被省教育工委评为2014年度江苏省高校先进基层党组织；2020年总务党总支被评为南京审计大学先进基层党组织。依托2009年成立的总务学院平台，加强职工的专业培训和技能训练。在省教育厅2014年全省高校校园文化建设优秀成果评选中，总务学院《全国高校首家总务学院：在“往来无白丁”中实现三全育人》获一等奖。